矿产资源补偿费是一种财产性收益，它是矿产资源国家所有权在经济上的实现形式。矿产资源补偿费由中央和地方共享。地矿主管部门会同同级财政部门负责征收。
为了保障和促进矿产资源的勘察、保护和合理开发，维护国家对矿产资源的财产权益，根据(中华人民共和国矿产资源法)的有关规定，1994年2月27是国务院令第150号发布《矿产资源补偿费征收管理规定》(1997年7月3日国务院令第222号修改)，明确在中华人民共和国领域和其他管辖海域开采矿产资源,应当依照规定缴纳矿产资源补偿费。
一、收费程序
(一)申报
纳费人按规定期限，根据矿产品销售收入及开采过程中资源利用情况填写“矿产资源补偿费月(季)度申报表”。
(二)核定
征收机关根据纳费人的实际生产经营情况，对纳费人的缴费申报进行审核，确认纳费人本期应缴纳补偿费的费额，对个体采矿实行定费制。
(三)缴费
纳费人通过开户行向国库缴纳费款，或由征收机关集中统缴入国库。
二、收费标准
(一)收费项目：矿产资源补偿费
(二)收费标准：矿产资源补偿费按照矿产品销售收入的一定比例计征。
采矿权人对矿产品自行加工的，按照国家规定价格计算销售收入;国家没有规定价格，按照征收时矿产品当地市场平均价格计算收入。
征收矿产资源补偿费金额=矿产品销售收入x补偿费费率x开采回采率系数。
开采回采率系数=核定开采回采率/实际开采回采率
三、减免程序
(一)凡符合规定的情形，申请免缴或减缴矿产资源补偿费的采矿权人，应在每年1月底前向管辖的征收部门提出本年度免缴或减缴的理由、期限及减缴幅度等内容的书面申请一式四份。但申请期间仍需按规定缴纳矿产资源补偿费。
(二)征收部门接到申请书后，15天内会同同级财政部门提出审核意见，报送省国土资源厅。
(三)省国土资源厅接到审核意见书后，30天内会同省财政厅对采矿权人的申请作出是否批准的决定，并将决定书发送采矿权人，同时抄送上报的征收部门。批准的决定书应报国务院国土资源部和财政部备案。
(四)减缴矿产资源补偿费额度超过应缴额50%的申请，应由省国土资源厅会同省财政厅审核同意后，报省级人民政府批准执行。
(五)凡经批准的免缴、减缴的矿产资源补偿费，自批准之日起生效。
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